ドキュメントに永続的なggplot2カラーテーマを設定する

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alex 2020-02-09 03:28.

マークダウンドキュメントに組み込まれているすべてのプロットのカラーパレットを定義したいと思います。本質的に、これはデフォルトの選択を上書きします。

いくつかの非常に古い答えがあります- @ dwwによって提案されたこことここのリンクに感謝します-古いバージョンを解決します(特に、最新のリリースがいくつかのメジャーリリースを先に、現在3.2.xであるときに0.8.2でソリューションを呼び出します)。

テーマを設定して、最も近いユースケースを説明します。汎用テーマの場合、これは簡単です。+ theme_minimal()すべてのプロットに追加するのではなく、代わりにすべてのプロットにわたって持続するテーマを設定できます。

library(ggplot2) 

d <- diamonds[sample(1:nrow(diamonds), 1000), ]

## without theming 
ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + 
  geom_point() + 
  theme_minimal() # must set this theme call for every plot 

## setting theme 
theme_set(theme_minimal())

ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + 
  geom_point()    # plot in theme, for all subsequent plots

全体にカラーパレットを設定するために存在する同様の変更はありますか?たとえば、呼び出しのテーマベースの置換、

ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + 
  geom_point() + 
  scale_color_brewer(palette='Set2') # requesting a global option to set this for all plots

リンクソリューションの古いバージョンに依存しない代わりに、全体でggplot機能をオーバーロード。それは危険なようです。

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette = 'Set1')

1 answers

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Allan Cameron 2020-02-09 19:58.

ggplot_global内部で使用されているggplot2がエクスポートされていない環境があります。ggplot関数のバインディングを一時的にロック解除し、環境のコンテンツをリストとして返すように変更することで、その構造を確認できます。あなたはこれをこのように非破壊的に行うことができます:

library(ggplot2)

get_ggplot_global <- function()
{
  unlockBinding("theme_set", as.environment("package:ggplot2"))
  backup <- body(theme_set)[[5]]
  body(theme_set)[[5]] <- substitute(return(as.list(ggplot_global)))
  global_list <- theme_set(theme_bw())
  body(theme_set)[[5]] <- backup
  lockBinding("theme_set", as.environment("package:ggplot2"))
  return(global_list)
}

global_list <- get_ggplot_global()
names(global_list)
#> [1] "date_origin"    "element_tree"   "base_to_ggplot" "all_aesthetics"
#> [5] "theme_current"  "time_origin"   

これを調べると、ggplotグローバル環境にと呼ばれるオブジェクトがあることがわかります。そのtheme_currentため、さまざまな線、テキスト、軸要素を色を含めてグローバルに設定できます。

質問の配色について話しているときは、スケールオブジェクトで定義されている色を参照しています。これはggplot_global環境の一部ではなく、デフォルトのスケールオブジェクトがないため、変更することはできません。新しいを作成すると、ggplot()「スケール」用の空のスロットがあります。

したがって、いくつかのオプションがあります。

  1. ggplotを my_ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer()
  2. 上記の関数でggplotを上書きします(@Philの提案による)
  3. 標準のggplot構文で追加する独自のテーマオブジェクトを作成します

最良の方法は、ggplotのラッパーを作成することです。ただし、3番目のオプションも非常にクリーンで慣用的です。あなたはこのようにそれを達成することができます:

set_scale <- function(...)
{
  if(!exists("doc_env", where = globalenv()))
    assign("doc_env", new.env(parent = globalenv()), envir = globalenv())
  doc_env$scale <- (ggplot() + eval(substitute(...)))$scales$scales[[1]] } my_scale <- function() if(exists("doc_env", where = globalenv())) return(doc_env$scale)

これを使用するには、(たとえば)

set_scale(scale_color_brewer(palette = "Set2"))

ドキュメントの開始時。これ+ my_scale()で、プロットごとに実行できます。

d <- diamonds[sample(1:nrow(diamonds), 1000), ]

ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) +
  geom_point() +
  my_scale()

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