双方向反復測定ANOVAを実行できません。0(非NA)ケース

3
Maddie 2020-02-03 20:52.

Datanoviaによる双方向反復測定ANOVAのチュートリアルに従おうとしています。

私のデータセットの概要:

私は、12のサンプリングユニットでさまざまな細菌種の数を経時的に測定しました。私は16の時点と2つのグループを持っています。私は自分のデータを「豊かさ」と呼ばれる小物として整理しました。

# A tibble: 190 x 4
   id    selection.group Day   value
   <fct> <fct>           <fct> <dbl>
 1 KRH1  KR              2      111.
 2 KRH2  KR              2      141.
 3 KRH3  KR              2      110.
 4 KRH1  KR              4      126 
 5 KRH2  KR              4      144 
 6 KRH3  KR              4      135.
 7 KRH1  KR              6      115.
 8 KRH2  KR              6      113.
 9 KRH3  KR              6      107.
10 KRH1  KR              8      119.

idは各サンプリング単位を参照し、選択グループは2つの要素(KRとRK)で構成されます。

richness <- tibble(
  id = factor(c("KRH1", "KRH3", "KRH2", "RKH2", "RKH1", "RKH3")), 
  selection.group = factor(c("KR", "KR", "KR", "RK", "RK", "RK")), 
  Day = factor(c(2,2,4,2,4,4)), 
  value = c(111, 110, 144,  92,  85,  69))  # subset of original data

私のティブルは、チュートリアルのものと同じ形式のようです。

> str(selfesteem2)
Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':   72 obs. of  4 variables:
 $ id : Factor w/ 12 levels "1","2","3","4",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ treatment: Factor w/ 2 levels "ctr","Diet": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ time : Factor w/ 3 levels "t1","t2","t3": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ score    : num  83 97 93 92 77 72 92 92 95 92 ..

反復測定ANOVAを実行する前に、データの正常性を確認する必要があります。チュートリアルで提案されたフレームワークをコピーしました。

#my code
richness %>%
  group_by(selection.group, Day) %>%
  shapiro_test(value)

#tutorial code
selfesteem2 %>%
  group_by(treatment, time) %>%
  shapiro_test(score)

しかしvariable、コードを実行しようとすると、「エラー:列が不明です」というエラーメッセージが表示されます。なぜこれが起こるのか誰かが知っていますか?

データが正規分布していることを保険なしで続行しようとし、ANOVAを実行しようとしました

res.aov <- rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
  )

しかし、このエラーメッセージを受け取ります。lm.fit(x、y、offset = offset、singular.ok = singular.ok、...)のエラー:0(非NA)の場合

any(is.na(richness))FALSEを返すNA値を確認しました。また、セットアップが正しいことを確認しましたtable(richness$selection.group, richness$Day)


     2 4 6 8 12 16 20 24 28 29 30 32 36 40 44 50
  KR 6 6 6 6  6  6  6  6  6  6  6  5  6  6  6  6
  RK 6 6 6 6  6  5  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6

そして、セットアップは正しいように見えます。これを解決するためのヒントをいただければ幸いです。

よろしくマドレーヌ

以下は、再現可能な形式のデータセットのサブセットです。

library(tidyverse)
library(rstatix)
library(tibble)

richness_subset = data.frame(
  id = c("KRH1", "KRH3", "KRH2", "RKH2", "RKH1", "RKH3"), 
  selection.group = c("KR", "KR", "KR", "RK", "RK", "RK"), 
  Day = c(2,2,4,2,4,4), 
  value = c(111, 110, 144,  92,  85,  69))

richness_subset$Day = factor(richness$Day)
richness_subset$selection.group = factor(richness$selection.group)
richness_subset$id = factor(richness$id)

richness_subset = tibble::as_tibble(richness_subset)

richness_subset %>%
  group_by(selection.group, Day) %>%
  shapiro_test(value)

# gives Error: Column `variable` is unknown
res.aov <- rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
)

# gives Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
#  0 (non-NA) cases

3 answers

2
StupidWolf 2020-02-04 05:54.

私はあなたのデータのデザインのようなものを作成します:

set.seed(111)
richness = data.frame(id=rep(c("KRH1","KRH2","KRH3"),6),
selection.group=rep(c("KR","RK"),each=9),
Day=rep(c(2,4,6),each=3,times=2),value=rpois(18,100))

richness$Day = factor(richness$Day)
richness$id = factor(richness$id)

まず、shapiro_test、スクリプトにバグがあり、テストしたい値に「value」という名前を付けることはできません。

# gives error Error: Column `variable` is unknown
richness %>% shapiro_test(value)

#works
richness %>% mutate(X = value) %>% shapiro_test(X)
# A tibble: 1 x 3
  variable statistic     p
  <chr>        <dbl> <dbl>
1 X            0.950 0.422
1 X            0.963 0.843

第二に、分散分析の場合、これは私にとってはうまくいきます。

rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
  )

私の例では、すべての項を推定できます。私が思うのは、あなたの項の1つが他の項の線形結合であるということです。私の例を使用して、

set.seed(111)
richness =
data.frame(id=rep(c("KRH1","KRH2","KRH3","KRH4","KRH5","KRH6"),3),
selection.group=rep(c("KR","RK"),each=9),
Day=rep(c(2,4,6),each=3,times=2),value=rpois(18,100))

richness$Day = factor(richness$Day)
richness$id = factor(richness$id)

rstatix::anova_test(
  data = richness, dv = value, wid = id,
  within = c(selection.group, Day)
  )

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
  0 (non-NA) cases

まったく同じエラーが発生します。これは、次を使用して確認できます。

lm(value~id+Day:selection.group,data=richness)


   Call:
lm(formula = value ~ id + Day:selection.group, data = richness)

Coefficients:
           (Intercept)                     id1                     id2  
               101.667                  -3.000                  -6.000  
                   id3                     id4                     id5  
                -6.000                   1.889                  11.556  
Day2:selection.groupKR  Day4:selection.groupKR  Day6:selection.groupKR  
                 1.667                 -12.000                   9.333  
Day2:selection.groupRK  Day4:selection.groupRK  Day6:selection.groupRK  
                -1.667                      NA                      NA 

Day4:selection.groupRKとDay6:selection.groupRKは、以前は因子の線形結合でカバーされていたため、推定できません。

1
Maddie 2020-02-04 16:19.

上で提案したShapiro_testを実行するためのソリューションが機能しました。

そして、を実行することで線形結合があることがわかりましたlm(value~id+Day:selection.group,data=richness)。しかし、なぜかわかりませんか?各グループのデータポイントがあることはわかっています(グラフを参照)。この線形結合はどこから来るのですか?

反復測定ANOVAは、時間の経過とともにサンプリング単位を追跡しているので、私には非常に適切であるように見えます。

0
Vrutang Shah 2020-05-20 11:24.

私も同じ問題を抱えていました。解決策を見つけることができませんでした。最後に、次の作業が行われます。「ez」パッケージをインストールします

newModel <-ezANOVA(data = dataFrame、dv =。(結果変数)、wid =。(参加者を識別する変数)、within =。(反復測定予測子)、between =。(グループ間予測子)、detailed = FALSE、タイプ= 2)

例:bushModel <-ezANOVA(data = longBush、dv =。(Retch)、wid =。(Participant)、within =。(Animal)、detailed = TRUE、type = 3)

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