Cómo utilizar una estructura C de datos definida por el usuario en un paquete R

2
Mark Bower 2020-07-04 20:19.

Este ejemplo mínimo se compila cuando "origen" el archivo:

/*
        read_header.c
*/

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

#include <RcppCommon.h>

typedef struct {
    int my_data;
} MY_HEADER_INFO;

namespace Rcpp {
  template <> SEXP wrap(const MY_HEADER_INFO& x);
}

#include <Rcpp.h>
namespace Rcpp {
 template <>
 SEXP wrap(const MY_HEADER_INFO& x) {
   std::vector<std::string> names;
   std::vector<SEXP> elements(1);
   // do something with the elements and names
   names.push_back("my_data");
   elements[0] = Rcpp::wrap( x.my_data );
 };
}

//' @export
// [[Rcpp::export]]
MY_HEADER_INFO read_header() {
    MY_HEADER_INFO *header;
  
  header = (MY_HEADER_INFO*)malloc(sizeof(MY_HEADER_INFO));
  memset(header, 0, sizeof(MY_HEADER_INFO));
  
    return *header;
}

Cuando intento compilarlo en RStudio en un paquete (CMD + SHIFT + B), aparece el siguiente mensaje de error largo, que claramente enumera el problema es mi estructura de retorno definida por el usuario, MY_HEADER_INFO:

DESCRIPCIÓN

Package: myPackage
Type: Package
Title: What the Package Does (Title Case)
Version: 0.1.0
Depends: R (>= 4.0.0)
License: GPL-3
Encoding: UTF-8
LazyData: true
RoxygenNote: 7.1.0
Imports:
    Rcpp
Suggests: 
    knitr,
    rmarkdown,
    testthat
VignetteBuilder: knitr
LinkingTo: 
    Rcpp

NAMESPACE

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(read_header)

Recibo el siguiente error:

==> Rcpp::compileAttributes()

* Updated src/RcppExports.cpp
* Updated R/RcppExports.R

==> devtools::document(roclets = c('rd', 'collate', 'namespace'))

Updating myPackage documentation
Loading myPackage
Re-compiling myPackage
─  installing *source* package ‘myPackage’ ...
   ** using staged installation
   ** libs
   clang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include' -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -UNDEBUG -Wall -pedantic -g -O0 -fdiagnostics-color=always -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
   RcppExports.cpp:9:1: error: unknown type name 'MY_HEADER_INFO'
   MY_HEADER_INFO read_header();
   ^
   1 error generated.
   make: *** [RcppExports.o] Error 1
   ERROR: compilation failed for package ‘myPackage’
─  removing ‘/private/var/folders/gl/jvj9b0xn34lgq6_h9370p8q80000gn/T/RtmpLKsw0o/devtools_install_1f333d54be59/myPackage’

Error: System command 'R' failed, exit status: 1, stdout + stderr:
E> * installing *source* package ‘myPackage’ ...
E> ** using staged installation
E> ** libs
E> clang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include' -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -UNDEBUG -Wall -pedantic -g -O0 -fdiagnostics-color=always -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
E> RcppExports.cpp:9:1: error: unknown type name 'MY_HEADER_INFO'
E> MY_HEADER_INFO read_header();
E> ^
E> 1 error generated.
E> make: *** [RcppExports.o] Error 1
E> ERROR: compilation failed for package ‘myPackage’
E> * removing ‘/private/var/folders/gl/jvj9b0xn34lgq6_h9370p8q80000gn/T/RtmpLKsw0o/devtools_install_1f333d54be59/myPackage’

 Stack trace:

 1. base:::suppressPackageStartupMessages({ ...
 2. base:::withCallingHandlers(expr, packageStartupMessage = function(c) tryInv ...
 3. devtools::document(roclets = c("rd", "collate", "namespace"))
 4. withr::with_envvar(r_env_vars(), roxygen2::roxygenise(pkg$path, ... 5. base:::force(code) 6. roxygen2::roxygenise(pkg$path, roclets, load_code = load_code)
 7. roxygen2:::load_code(base_path)
 8. pkgload::load_all(path, helpers = FALSE, attach_testthat = FALSE)
 9. pkgbuild::compile_dll(path, quiet = quiet)
 10. withr::with_makevars(compiler_flags(TRUE), assignment = "+=",  ...
 11. withr:::with_envvar(c(R_MAKEVARS_USER = makevars_file), { ...
 12. base:::force(code)
 13. base:::force(code)
 14. pkgbuild:::install_min(path, dest = install_dir, components = "libs",  ...
 15. pkgbuild:::rcmd_build_tools("INSTALL", c(path, paste("--library=",  ...
 16. pkgbuild:::with_build_tools(callr::rcmd_safe(..., env = env,  ...
 17. callr::rcmd_safe(..., env = env, spinner = FALSE, show = FALSE,  ...
 18. callr:::run_r(options)
 19. base:::with(options, with_envvar(env, do.call(processx::run,  ...
 20. base:::with.default(options, with_envvar(env, do.call(processx::run,  ...
 21. base:::eval(substitute(expr), data, enclos = parent.frame())
 22. base:::eval(substitute(expr), data, enclos = parent.frame())
 23. callr:::with_envvar(env, do.call(processx::run, c(list(bin, args = real_cmd ...
 24. base:::force(code)
 25. base:::do.call(processx::run, c(list(bin, args = real_cmdargs,  ...
 26. (function (command = NULL, args = character(), error_on_status = TRUE,  ...
 27. throw(new_process_error(res, call = sys.call(), echo = echo,  ...

 x System command 'R' failed, exit status: 1, stdout + stderr:
E> * installing *source* package ‘myPackage’ ...
E> ** using staged installation
E> ** libs
E> clang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/Rcpp/include' -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -UNDEBUG -Wall -pedantic -g -O0 -fdiagnostics-color=always -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
E> RcppExports.cpp:9:1: error: unknown type name 'MY_HEADER_INFO'
E> MY_HEADER_INFO read_header();
E> ^
E> 1 error generated.
E> make: *** [RcppExports.o] Error 1
E> ERROR: compilation failed for package ‘myPackage’
E> * removing ‘/private/var/folders/gl/jvj9b0xn34lgq6_h9370p8q80000gn/T/RtmpLKsw0o/devtools_install_1f333d54be59/myPackage’ 

Execution halted

Exited with status 1.

Se escribe lo siguiente en Rcpp_exports:

// Generated by using Rcpp::compileAttributes() -> do not edit by hand
// Generator token: 10BE3573-1514-4C36-9D1C-5A225CD40393

#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

// read_header
MY_HEADER_INFO read_header();
RcppExport SEXP _myPackage_read_header() {
BEGIN_RCPP
    Rcpp::RObject rcpp_result_gen;
    Rcpp::RNGScope rcpp_rngScope_gen;
    rcpp_result_gen = Rcpp::wrap(read_header());
    return rcpp_result_gen;
END_RCPP
}

static const R_CallMethodDef CallEntries[] = {
    {"_myPackage_read_header", (DL_FUNC) &_myPackage_read_header, 0},
    {NULL, NULL, 0}
};

RcppExport void R_init_myPackage(DllInfo *dll) {
    R_registerRoutines(dll, NULL, CallEntries, NULL, NULL);
    R_useDynamicSymbols(dll, FALSE);
}

Sin embargo, si intento modificar este archivo, todo se sobrescribe cuando llamo a CMD + SHIFT + B. Otros programas en C que he escrito para este mismo paquete que devuelven tipos de datos estándar (por ejemplo, "std :: vector") se compilan sin problemas, tanto cuando "obtengo" el código en la consola y cuando lo construyo en un paquete .

He leído la documentación de Rcpp y las viñetas relacionadas (¡e incluso compré el libro de Dirk!), Pero no encuentro cómo decirle al creador de paquetes dónde se encuentra la definición de MY_HEADER_INFO. ¿Cómo le digo al compilador de paquetes dónde se encuentra la definición de este archivo?

¡Gracias!

1 answers

7
Dirk Eddelbuettel 2020-07-05 04:14.

Que se parecen a otra instancia de un problema no del todo-raro que los que hacemos tiene una respuesta maravillosamente simple que se conoce somewho menos de lo que debería ser.

En resumen, para un paquete <pkg>(donde <pkg>hay un alias para el nombre de su paquete, con minúsculas o minúsculas como desee. Y obviamente no <o >) por favor tal struct(o en el caso de C ++ class) o typedefo ... definiciones en un archivo inst/include/<pkg>_types.h(reemplazando <pkg>con el nombre de su paquete).

Si existe un archivo de este tipo, se incluye automáticamente por RcppExports.cppy está listo para comenzar.

Los detalles se encuentran en la viñeta de atributos Rcpp y también se permiten algunos formularios relacionados:

src/<pkg>_types.h
src/<pkg>_types.hpp
inst/include/<pkg>_types.h
inst/include/<pkg>_types.hpp
inst/include/<pkg>.h

pero inst/include/<pkg>_types.hpuede ser el más utilizado. Un ejemplo del uso de ella a través src/es src / RSQLite_types.h . Por otro lado, un ejemplo de uso inst/include/es inst / include / RcppQuantuccia_types.hy otro mucho más grande en inst / include / RcppGSL_types.h .

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