Perfilado de línea con cython en jupyter notebook

2
Alex T 2019-08-21 12:46.

Estoy tratando de usar la biblioteca liner_profiler en el cuaderno jupyter con la función cython. Está funcionando solo a la mitad. El resultado que obtengo solo consiste en la primera fila de la función y sin resultados de generación de perfiles.

%%cython -a
# cython: linetrace=True
# cython: binding=True
# distutils: define_macros=CYTHON_TRACE_NOGIL=1
import numpy as np
cimport numpy as np
from datetime import datetime
import math


cpdef np.int64_t get_days(np.int64_t year, np.int64_t month):
    cdef np.ndarray months=np.array([31,28,31,30,31,30,31,31,30,31,30,31])
    if month==2:
        if (year%4==0 and year%100!=0) or (year%400==0):
            return 29
    return months[month-1]

Para el resultado del perfil, int onlt muestra una línea de código

    Timer unit: 1e-07 s

Total time: 0.0015096 s
File: .ipython\cython\_cython_magic_0154a9feed9bbd6e4f23e57d73acf50f.pyx
Function: get_days at line 15

Line #      Hits         Time  Per Hit   % Time  Line Contents
==============================================================
    15                                           cpdef np.int64_t get_days(np.int64_t year, np.int64_t month):

1 answers

3
ead 2019-08-22 05:31.

Esto puede verse como un error en line_profiler(si se supone que es compatible con Cython). Para obtener el código de la función perfilada, line_profiler lee el pyx-file e intenta extraer el código con la ayuda de inspect.getblock:

...
# read pyx-file
all_lines = linecache.getlines(filename)
# try to extract body of the function strarting at start_lineno:
sublines = inspect.getblock(all_lines[start_lineno-1:])
...

Sin embargo, getblockno sabe nada sobre cpdef-function, ya que Python solo tiene def-functions y, por lo tanto, produce un cuerpo de función incorrecto (es decir, solo la firma).

Solución alterna:

Una defsolución simple sería introducir una función ficticia , que sería un centinela para la función cpdef-de tal manera, que inspect.getblockproduciría todo el cuerpo de la función cpdef + cuerpo de la función centinela, es decir:

%%cython
...
cpdef np.int64_t get_days(np.int64_t year, np.int64_t month):
    ...

def get_days_sentinel():
    pass

y ahora el informe %lprun -f get_days get_days(2019,3)tiene el siguiente aspecto:

Timer unit: 1e-06 s

Total time: 1.7e-05 s
File: XXXX.pyx
Function: get_days at line 10

Line #      Hits         Time  Per Hit   % Time  Line Contents
==============================================================
    10                                           cpdef np.int64_t get_days(np.int64_t year, np.int64_t month):
    11         1         14.0     14.0     82.4      cdef np.ndarray months=np.array([31,28,31,30,31,30,31,31,30,31,30,31])
    12         1          1.0      1.0      5.9      if month==2:
    13                                                   if (year%4==0 and year%100!=0) or (year%400==0):
    14                                                       return 29
    15         1          2.0      2.0     11.8      return months[month-1]
    16                                           
    17                                           def get_days_sentinel():
    18                                               pass

Todavía hay líneas finales algo feas del centinela, pero probablemente sea mejor que no vea nada en absoluto.

Related questions

MORE COOL STUFF

La estrella de HGTV, Christina Hall, revela que tiene 'envenenamiento por mercurio y plomo' probablemente por voltear 'casas asquerosas'

La estrella de HGTV, Christina Hall, revela que tiene 'envenenamiento por mercurio y plomo' probablemente por voltear 'casas asquerosas'

La estrella de HGTV, Christina Hall, revela que le diagnosticaron envenenamiento por mercurio y plomo, probablemente debido a su trabajo como manipuladora de casas.

La estrella de 'Love Is Blind' Brennon Lemieux responde a los cargos de violencia doméstica

La estrella de 'Love Is Blind' Brennon Lemieux responde a los cargos de violencia doméstica

Recientemente salió a la luz un informe policial que acusa a la estrella de 'Love Is Blind', Brennon, de violencia doméstica. Ahora, Brennon ha respondido a los reclamos.

Wynonna Judd se dio cuenta de que ahora es la matriarca de la familia Judd en un momento festivo de pánico

Wynonna Judd se dio cuenta de que ahora es la matriarca de la familia Judd en un momento festivo de pánico

Conozca cómo Wynonna Judd se dio cuenta de que ahora es la matriarca de la familia mientras organizaba la primera celebración de Acción de Gracias desde que murió su madre, Naomi Judd.

Experto en lenguaje corporal explica los 'paralelos' entre Kate Middleton y la princesa Diana

Experto en lenguaje corporal explica los 'paralelos' entre Kate Middleton y la princesa Diana

Descubra por qué un destacado experto en lenguaje corporal cree que es fácil trazar "tales paralelismos" entre la princesa Kate Middleton y la princesa Diana.

Los láseres arrojan luz sobre por qué necesita cerrar la tapa antes de descargar

Los láseres arrojan luz sobre por qué necesita cerrar la tapa antes de descargar

Los inodoros arrojan columnas de aerosol invisibles con cada descarga. ¿Como sabemos? La prueba fue capturada por láseres de alta potencia.

The Secrets of Airline Travel Quiz

The Secrets of Airline Travel Quiz

Air travel is far more than getting from point A to point B safely. How much do you know about the million little details that go into flying on airplanes?

Where in the World Are You? Take our GeoGuesser Quiz

Where in the World Are You? Take our GeoGuesser Quiz

The world is a huge place, yet some GeoGuessr players know locations in mere seconds. Are you one of GeoGuessr's gifted elite? Take our quiz to find out!

¿Caduca el repelente de insectos?

¿Caduca el repelente de insectos?

¿Sigue siendo efectivo ese lote de repelente de insectos que te quedó del verano pasado? Si es así, ¿por cuánto tiempo?

¿Será Sous Vide? Pechugas de pato regordetas y jugosas

¿Será Sous Vide? Pechugas de pato regordetas y jugosas

Fotos de Claire Lower. Hola a todos y bienvenidos a la edición de esta semana de Will It Sous Vide ?, la columna semanal donde hago lo que quieran con mi circulador de inmersión.

Uh Oh, los GIF finalmente funcionan en Facebook

Uh Oh, los GIF finalmente funcionan en Facebook

Aquí tienes algunas novedades: ahora puedes insertar GIF en Facebook. Bueno, técnicamente, puedes publicar un enlace a un GIF, y Facebook producirá la animación, al igual que casi todas las demás redes sociales lo han estado haciendo durante años.

Ponle una tapa. En realidad, ponle una tapa a todo. Consigue 12 tapas de cocina elásticas de silicona por $14. [Exclusivo]

Ponle una tapa. En realidad, ponle una tapa a todo. Consigue 12 tapas de cocina elásticas de silicona por $14. [Exclusivo]

Tapas elásticas de silicona de Tomorrow's Kitchen, paquete de 12 | $14 | Amazonas | Código promocional 20OFFKINJALids son básicamente los calcetines de la cocina; siempre perdiéndose, dejando contenedores huérfanos que nunca podrán volver a cerrarse. Pero, ¿y si sus tapas pudieran estirarse y adaptarse a todos los recipientes, ollas, sartenes e incluso frutas en rodajas grandes que sobran? Nunca más tendrás que preocuparte por perder esa tapa tan específica.

Cuéntanos tus mejores trucos de Washington, DC

Cuéntanos tus mejores trucos de Washington, DC

Hemos pirateado algunas ciudades industriales en esta columna, como Los Ángeles y Las Vegas. Ahora es el momento de una ciudad militar-industrial-compleja.

Patinaje artístico de EE. UU. 'frustrado' por falta de decisión final en evento por equipos, pide una decisión justa

Patinaje artístico de EE. UU. 'frustrado' por falta de decisión final en evento por equipos, pide una decisión justa

El equipo está a la espera de las medallas que ganó en los Juegos Olímpicos de Invierno de 2022 en Beijing, ya que se está resolviendo un caso de dopaje que involucra a la patinadora artística rusa Kamila Valieva.

Los compradores de Amazon dicen que duermen 'como un bebé mimado' gracias a estas fundas de almohada de seda que cuestan tan solo $ 10

Los compradores de Amazon dicen que duermen 'como un bebé mimado' gracias a estas fundas de almohada de seda que cuestan tan solo $ 10

Miles de compradores de Amazon recomiendan la funda de almohada de seda Mulberry, y está a la venta en este momento. La funda de almohada de seda viene en varios colores y ayuda a mantener el cabello suave y la piel clara. Compre las fundas de almohada de seda mientras tienen hasta un 46 por ciento de descuento en Amazon

Se busca al corredor de los Bengals Joe Mixon por orden de arresto emitida por presuntamente apuntar con un arma de fuego a una mujer

Se busca al corredor de los Bengals Joe Mixon por orden de arresto emitida por presuntamente apuntar con un arma de fuego a una mujer

El jueves se presentó una denuncia de delito menor amenazante agravado contra Joe Mixon.

Profesor de la Universidad de Purdue arrestado por presuntamente traficar metanfetamina y proponer favores sexuales a mujeres

Profesor de la Universidad de Purdue arrestado por presuntamente traficar metanfetamina y proponer favores sexuales a mujeres

El Departamento de Policía de Lafayette comenzó a investigar a un profesor de la Universidad de Purdue en diciembre después de recibir varias denuncias de un "hombre sospechoso que se acercaba a una mujer".

Concept Drift: el mundo está cambiando demasiado rápido para la IA

Concept Drift: el mundo está cambiando demasiado rápido para la IA

Al igual que el mundo que nos rodea, el lenguaje siempre está cambiando. Mientras que en eras anteriores los cambios en el idioma ocurrían durante años o incluso décadas, ahora pueden ocurrir en cuestión de días o incluso horas.

India me está pateando el culo

India me está pateando el culo

Estoy de vuelta por primera vez en seis años. No puedo decirte cuánto tiempo he estado esperando esto.

Precios accesibles, nuestro aprendizaje desde la perspectiva iOS

Precios accesibles, nuestro aprendizaje desde la perspectiva iOS

Cómo mejoramos la accesibilidad de nuestro componente de precio, y cómo nos marcó el camino hacia nuevos saberes para nuestro sistema de diseño. Por Ana Calderon y Laura Sarmiento Leer esta historia en inglés.

ℝ

“And a river went out of Eden to water the garden, and from thence it was parted and became into four heads” Genesis 2:10. ? The heart is located in the middle of the thoracic cavity, pointing eastward.

Language